Geoghan werd in januari 2002 schuldig bevonden aan het onzedelijk betasten van een 10-jarig jongetje. Hij kreeg een gevangenisstraf van negen tot tien jaar opgelegd. In totaal werden er meer dan 130 klachten ingediend tegen de uit het ambt gezette priester. Een deel daarvan kocht het bisdom in september vorig jaar af voor een bedrag van tien miljoen dollar.

Tijdens het proces tegen Geoghan werd duidelijk dat de leiding van het bisdom Boston, onder wie kardinaal Bernard Law, al lang weet had van de beschuldigingen tegen Geoghan, maar hem telkens overplaatste naar een andere parochie. Ook andere priesters die zich aan ontucht schuldig maakten, werden niet ontslagen, maar overgeplaatst zodra ze in een bepaalde parochie in opspraak raakten. Daardoor konden ze doorgaan met het misbruiken van kinderen, bleek in het proces.