Politkovskaja werd in 2006 bij haar huis in Moskou doodgeschoten. Eerder werd al bekend dat in totaal negen personen worden beschuldigd van betrokkenheid bij de moord. Verschillende verdachten worden in Rusland vastgehouden, onder wie naar verluidt drie broers van Machmoedov.
Politkovskaja maakte zich met haar fel kritische berichtgeving over wreedheden jegens burgers in Tsjetsjenië zeer impopulair bij het Kremlin en velen denken dat de moord op haar politiek gemotiveerd was. Omdat zij ook veel over corruptie schreef kan er echter ook een zakelijk motief zijn geweest voor de moord. Volgens de Russische autoriteiten is Politikovskaja vermoord om het Kremlin in diskrediet te brengen.